Simulace van der Waalsovy interakce s pohyblivou molekulou

Mgr. Martin Szabo

Bakalářská práce

Simulation of van der Waals interaction with a flexible receptor

Abstract:

Faculty of Informatics and Institute of Computer Science of Masaryk University develop applications of haptic (tactile) interaction of two molecules. Its aim is to simulate the interaction of two molecules and by using haptic interfaces allow the user to control one of them. The current implementation has been limited to molecules of unchanging shape, but this does not reflect reality modeling processes. Key component of active interactions are van der Waals forces, which should be evaluated in real time. The content of this work is to find and implement the methods necessary for calculating the van der Waals forces on changing molecules. A large part af this work is devoted to the description of the method for creation and searching hash structure necessary for calculating van der Waals forces in real time.

Abstract:

Na Fakulte Informatiky a Ústavu výpočetní techniky Masarykovy univerzity sa už dlhšiu dobu vyvíja aplikácia haptickej (hmatovej) interakcie dvoch molekúl. Jej cieľom je simulovať interakcie dvoch molekúl a pomocou haptického rozhrania umožniť užívateľovi ovládať jednu z nich. Doterajšia implementácia bola limitovaná na molekuly nemenného tvaru, čo ale nezodpovedá realite modelovaných dejov. Kľúčovou zložkou silovej interakcie sú van der Waalsove sily, ktoré je potrebné vyhodnocovať v reálnom čase. Obsahom tejto bakalárskej práce je nájdenie a implementovanie metód potrebných na fungovanie výpočtu van der Waalsových síl s meniacimi sa molekulami. V tejto práci je tiež veľká časť venovaná popisu spôsobu tvorby a fungovania (vyhľadávania) hashovacej štruktúry potrebnej na počítanie van der Waalsových síl v reálnom čase.

Klíčová slova

Haptika, van der Waalsove sily, hashovanie, rozdelenie priestoru, Phantom, molekulový docking

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 24. 6. 2011
• Vedoucí: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Jan Fousek

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika