Škálovatelná syntéza parametrů pro hypotézy formulované v logice CTL

Mgr. Samuel Pastva

Bakalářská práce

Scalable Parameter Synthesis from CTL Hypotheses

Anotace:

Hlavným cieľom tejto práce je navrhnúť a implementovať paralelný algoritmus pre výpočet problému syntézy parametrov pre biochemické systémy a CTL hypotézy operujúci v distribuovanej pamäti. Výsledný algoritmus je založený na farebnom CTL overovaní modelov. Aplikovateľnosť a škálovateľnosť algoritmu sú demonštrované na biochemických modeloch založených na obyčajných diferenciálnych rovniciach. Taktiež diskutujeme možné heuristiky na delenie stavového priestoru týchto modelov.

Abstract:

The main goal of this thesis is to design and implement a parallel and distributed memory algorithm for computing the parameter synthesis problem for biochemical systems and CTL hypotheses. The resulting algorithm is based on coloured CTL model checking. The applicability and scalability of the algorithm is successfully demonstrated on biochemical models based on ordinary differential equations. We also discuss possible heuristics for state space partitioning of these models.

Keywords

Coloured Model Checking, CTL, Distributed Memory, Parameter Synthesis Problem, Systems Biology, ODE Model, Thomas Network, Farebné Overovanie Modelov, Distribuovaná Pamäť, Problém Syntézy Parametrov, Systémová Biológia

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 18. 5. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 6. 2015
• Vedoucí: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc.
• Oponent: RNDr. David Šafránek, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Informatika / Paralelní a distribuované systémy