Development, modularization and tuning of a program for repetitive sequence detection in plant genomes

Bc. Ivan Vanát

Diplomová práce

Anotace:

TE-greedy-nester je nástroj schopný identifikovať LTR retrotranspozóny, využívajúc de-novo prístup a hladný algoritmus. V porovnaní s konkurenciou vie identifikovať aj fragmentované elementy. V tejto práci, predstavujeme vylepšenú verziu nástroja, ktorá dokáže identifikovať viacero typov repetetívnych sekvencií. Nástroj je teraz možné jednoducho rozšíriť o nové moduly. Program disponuje štyrma predimplementovanými modulmi vyvinutými nami - TRF, MITE, nested-nester a SoloLTRs.

Abstract:

TE-greedy-nester is a tool that is capable of identification of long terminal retrotransposons utilizing de-novo identification and a greedy algorithm. Compared to most of its competitors, it can also detect fragmented elements. In this work, we present an improved version of the tool that can now identify several types of repetitive sequences. It has undergone a complete redesign and can now be easily extended with modules for the identification of various other elements. Currently, the software has four modules implemented by us - TRF, MITE, nested-nester, and SoloLTRs.

Keywords

TE-greedy-nester, LTR retrotransposons, nesting, repetitive elements detection, mite, tandem repeat

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 13. 12. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 26. 1. 2023
• Vedoucí: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Monika Čechová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Řízení softwarových systémů a služeb / Řízení vývoje služeb