Detekce fytopatogenní karanténní bakterie \kur{Erwinia amylovora} metodou LAMP

Martin KLOJDA

Bakalářská práce

Detectiono fphytopathogenic quarantine bakterium \kur{Erwinia amylovora} using LAMP technique

Anotace:

Erwinia amylovora je fytopatogenní bakterií způsobující spálu růžovitých rostlin. Jedná se o závažné onemocnění ovocných stromů, které ohrožuje okolo 200 druhů rostlin z čeledi Rosaceae (růžovité). Na tuto bakterii se vztahují přísná karanténní opatření. V současnosti je tento patogen rozšířen po celé Evropě, Blízkém východě, Středomoří, Novém Zélandu, ve Spojených státech a mnoha dalších oblastech. Mezi symptomy onemocnění patří spála listů, korové nekrózy, sekrece bakteriálního slizu z plodů a dalších napadených míst, vodnatění plodů. K rychlému šíření bakteriálních buněk přispívá opylující hmyz s jehož pomocí patogen infikuje květy a posléze další části rostliny. Proti tomuto patogenu není na území evropského kontinentu jiné ochrany, než šlechtění na rezistenci, karanténní opatření a využití antagonistických bakterií. Z toho plyne, že časné rozpoznání příznaků je klíčové v zabránění větších škod. Pro diagnostické účely bylo vyvinuto mnoho technik od kultivačních metod, až po sérologické a molekulárně genetické metody. V této práci přináším popis některých z těchto metod se zaměřením na techniku LAMP (loop-mediated isothermal amplification), která je nejen díky jejímu průběhu za izotermických podmínek velice rychlá, citlivá a také levnější oproti jiným metodám. Jelikož je Erwinia amylovora patogenem, který se rychle šíří, zdá se být LAMP velmi slibným diagnostickým nástrojem.

Abstract:

Erwinia amylovora is phytopathogenic bacterium which causes serious plant disease Fire Blight on pome-fruit and surrounding 200 Rosaceae species. Today this disease is spreading across Europe, the Near East, the Mediterranean, New Zealand, the United States and many other countries. Fire Blight is a very destructive disease. Among the symptoms are scorched leaves, necrosis, cankers, secretion of ooze from fruit and other affected location and watering from fruits. Insects like bees can transport bacterium cells into other blossoms and trees. Due to this fact Fire Blight can spread very quickly and destroy harvests, damage trees and even destroy orchards. There is no protection in Europe except resistence breeding, quarantine arrangement, or using antagnonistic bacterium. Early recogntion of Fire Blight symptoms is a key step in the prevention of more severe consequences. There are many tools in diagnosing Erwinia amylovora including the observation of symptoms, cultivation methods, serological or molecular biological techniques among others. In this paper I demonstrate some of these detection techniques. As the quick detection of Erwinia amylovora is important, I summarize the molecular detection technique LAMP (loop-mediated isothermal amplification), which is a quick, low-cost and very sensitive technique besides other methods because of the isothermal conditions for amplification. Because of this, LAMP may be a suitable diagnostic tool for the detection of Erwinia amylovora.

Klíčová slova

Erwinia, amylovora, spála růžovitých rostlin, LAMP, loop-mediated isothermal amplification

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 22. 4. 2016

Zveřejnit od: 22. 4. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Ing. Pavel Beran, Ph.D.

JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH

Zemědělská fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Zemědělství / Zemědělské biotechnologie