A basic application for integration and visual exploration of open biomedical networks

Bc. Tamara Babálová

Bachelor's thesis

Anotácia:

Biomedicínske siete pomáhajú modelovať a vizualizovať komplexné biomedicínske systémy a podporujú biomedicínske modely strojového učenia, ktoré sa používajú na poskytovanie vysoko presných predpovedí pre rôzne oblasti, ako je zdravie alebo životné prostredie. V tejto práci implementujeme jednoduchý prototyp aplikácie na skúmanie vizualizácií znalostných grafov zameraných na lieky, indikácie a vedľajšie účinky s cieľom poskytnúť pacientom, napríklad onkologickým pacientom zapojeným do projektu AI support for Clinical Oncology and Patient Empowerment AIcope, lepší výber liečby. Pomocou rámca JavaScript Vue.js implementujeme webový widget, ktorý obsahuje vizualizáciu spracovaných biomedicínskych údajov z databázií, ako sú DrugBank a SIDER, ktorý umožňuje používateľom prehľadávať a skúmať vygenerovaný znalostný graf vytvorený pomocou grafovej databázy Neo4j.

Abstract:

Biomedical networks help model and visualize complex biomedical systems and support biomedical machine learning models, which are used to deliver highly accurate predictions for various subjects such as health or environment. In this thesis we implement a simple application prototype to explore the visualization of knowledge graphs focused on drugs, indications, and side effects to provide a better choice of treatment for patients, for example oncological patients involved in an AI support for Clinical Oncology and Patient Empowerment project AIcope. Using JavaScript framework Vue.js we implement a web widget that features a visualization of processed biomedical data from datasets such as DrugBank and SIDER that allows users to see and explore a generated knowledge graph created with the Neo4j graph database.

Keywords

biomedical network, network visualization, knowledge graph, web application, JavaScript, HTML, CSS, Neo4j, Cypher, Vue.js

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 27. 6. 2022
• Vedúci: Mgr. Bc. Vít Nováček, PhD
• Oponent: Sameh K. Mohamed, PhD

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Applied Informatics / Applied Informatics