Analýza mikrobiomu u dětských pacientů s nespecifickými střevními záněty

Ing. Hana Malčíková

Master's thesis

Analysis of microbiome in pediatric patients with inflammatory bowel disease

Abstract:

Nespecifické střevní záněty (IBD – inflammatory bowel disease) tvoří skupinu hetero-genních onemocnění s širokou škálou projevů. Charakter onemocnění vyžaduje individu-ální přístup a činí diagnostiku tohoto onemocnění značně obtížnou. Ačkoliv existuje řada klinických kritérií, která jsou běžně užívaná pro odhad prognózy, neexistuje žádný speci-fický test potvrzující diagnózu IBD, a diagnostika onemocnění představuje soubor vyšet-ření, jež je potřeba poskládat jako dílky skládačky. V posledních letech nabývá na vý-znamu v patogenezi těchto závažných onemocnění skladba a diverzita gastrointestinální-ho mikrobiomu. Cílem této diplomové práce bylo otestovat analýzu mikrobiomu pomocí sekvenová-ní druhé a třetí generace u pacientů s nespecifickými střevními záněty. Byla provedena optimalizace izolace DNA a vybrán vhodný primer pro následné analýzy za účelem za-vést metody analýzy mikrobiomu na pracoviště školitele. Následně byly připraveny sek-venační knihovny vybraných pacientských vzorků pro sekvenování na přístrojích Illumina a MinION a tyto knihovny byly sekvenovány.

Abstract:

Inflammatory bowel disease (IBD) is a group of heterogeneous diseases with a wide range of manifestations. The distinctive nature of the disease requires an individual approach, making the diagnosis difficult. Although, there is an array of clinical criteria commonly used to estimate the prognosis, there is no specific test to confirm IBD diagnosis, and the diagnosis is a set of tests that need to be put together like puzzle pieces. In recent years, the composition and diversity of the gastrointestinal microbiome have become increasin-gly important in the pathogenesis of these severe diseases. This diploma thesis aimed to analysis of the microbiome of IBD patients by using next-generation sequencing and third-generation sequencing. DNA isolation was optimi-zed and an appropriate primer for following analyzes was selected to introduce microbi-ome analysis methods in the supervisor‘s laboratory. Sunsequently, sequencing libraries of selected patient samples were prepared for sequencing on Illumina and MinION in-struments. These libraries were sequenced.

Keywords

nespecifické střevní záněty, střevní mikrobiom, 16S rRNA sekvenování nové generace, inflammatory bowel disease, intestinal microbiome, 16S rRNA sequencing

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 1. 6. 2021

Thesis defence

• Date of defence: 23. 2. 2022
• Supervisor: prof. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D.
• Reader: doc. RNDr. Sabina Ševčíková, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Bioanalytical Laboratory Diagnostics in Medicine - Bioanalytic / Bioanalytical Laboratory Diagnostics in Medicine - Bioanalyst