Funkční diverzita mikrobiomu fyloplánu na vybraných druzích dřevin

Bc. Kristýna PAVLÍKOVÁ

Diplomová práce

Functional diversity of phylloplane microbiome of selected host trees

Anotace:

Mikrobiom fyloplánu temperátních dřevin je velmi různorodý a dosud málo prostudován. Cílem předložené práce je zpracovat data z DNA metabarcodingu fyloplánu s důrazem na funkční diverzitu bakterií a na základě dostupné literatury vyhodnotit potenciální ekologický význam jednotlivých zjištěných druhů bakterií, včetně statistického zpracování výsledků svého zjištění ve vztahu k vybraným charakteristikám dřevin. V roce 2018 proběhl sběr listů šesti druhů temperátních dřevin řádu Fagales na třech lokalitách (CHKO Poodří, CHKO Litovelské Pomoraví, NPP Hodonínská Dúbrava). V současné době je metoda "DNA metabarcoding" široce využívána, protože je schopna studovat veškeré mikrobiální taxony v mikrobiotě. Statistickým zpracováním dat pomocí analýzy bakteriálních sítí bylo celkem zjištěno 517 taxonů bakterií interagující s hostitelskou rostlinou. Nejčastěji se vyskytovaly v artikulačních bodech bakterie Bacillus sp., Kaistobacter sp., Beijerinckia sp., Acinetobacter sp., které jsou zřejmě klíčové pro funkční a druhovou diverzitu mikrobioty fyloplánu. Výsledky této studie umožnily rozšířit dosavadní znalosti mikrobioty fyloplánu vybraných temperátních dřevin.

Abstract:

The microbiome of phylloplane temperate trees is very diverse and so far little studied. The aim of this thesis is process data from DNA metabarcoding of phylloplane with emphasis for functional diversity of bacteria and on the basis of available literature evaluate potential ecological significance of individual find out species of bacteria, including statistical processing of results in relation of selected trees characteristics. In 2018, leaf of six species of temperate trees of the order Fagales were collected on three localities (CHKO Poodří, CHKO Litovelské Pomoraví, NPP Hodonínská Dúbrava). Currently, the method "DNA metabarcoding" is widely used because it is able to study its microbial taxa in a microbiota. A total of 517 taxons of bacteria interacting with the host plant were detected based on statistical data processing using bacterial network analysis. They most often occur at articulation points of Bacillus sp., Kaistobacter sp., Beijerinckia sp., Acinetobacter sp. The results of this study made it possible to expand the current knowledges of phylloplane microbiota of selected temperate trees.

Klíčová slova

bakteriální síť, bakterie, DNA metabarcoding, interakce rostlina-mikroorganismus, temperátní dřeviny

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 7. 2020

Zveřejnit od: 31. 12. 2999

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 27. 8. 2020
• Vedoucí: doc. Mgr. Pavel Drozd, Ph.D.

OSTRAVSKÁ UNIVERZITA

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Experimentální biologie